MP3Doctor PRO proporciona diversas utilidades de edición para ficheros de audio con formatos MP3 y WAV. Incluye opciones de normalización, ecualización, reparación, eliminar las voces de una canción y dejar sólo la parte instrumental (para karaoke), etcétera.

Todas las operaciones mencionadas anteriormente, se pueden efectuar con MP3Doctor PRO sobre ficheros individuales o por lotes. otras funciones abarcables por MP3Doctor PRO son las de recorte de archivos, "resampleados", codificación y decodificación, edición de parámetros como el tempo o el "pitch", etc.

Otro factor reseñable de MP3Doctor PRO es la simpleza de su interfaz, clara y correctamente ordenada, que además incorpora varias skins intercambiables.